La Cripta è stata inaugurata il 28 agosto del 1968. Di forma circolare, ha un diametro esterno di 80 m, quello interno di 38 m ed una altezza di 9 metri. Vi si può accedere da 18 ingressi ed ha la capienza di circa 2.000 posti a sedere.

L’altare centrale è posto su una pavimentazione in granito rosso. Il presbiterio a semicerchio vuole dare l’idea dell’accoglienza. Il quadretto della Madonna è stato su questo altare dal 1968 al 1987 e dal 1° Maggio del 1994 al 4 Novembre del 1994.

Nella Cripta si trovano diverse cappelle.

La Cappella del Sacro Cuore custodisce il SS.mo Sacramento. Nel mosaico è rappresentata l’apparizione del Sacro Cuore di Gesù a S. Margherita Alacoque. Tutto è avvolto in un vortice colorato che converge nel Tabernacolo a forma di diamante dorato.

Una Cappella è adibita alla celebrazione del sacramento della Riconciliazione; la Cappella di San Pietro e Paolo in cui sono rappresentati le due colonne portanti della Chiesa, vi è presente una iconostasi. Qui si svolgono le celebrazioni dell’Eucarestia in rito ortodosso; la Cappella di Santa Lucia, patrona di Siracusa, ospita la tomba di S.E. Mons. Calogero Lauricella, Arcivescovo di Siracusa dal 1973 al 1989, si adoperò per la costruzione del Santuario a Maria verso la quale nutriva una filiale devozione. Il monumento funebre è stato progettato dal geometra Franco Vasquez, il busto bronzeo è opera del maestro Francesco Caldarella; in un’altra ancora vi è stato posto il Museo degli ex-voto dove sono esposti una parte dei tanti doni fatti a Maria “per grazia ricevuta”. Vi sono anche doni ricordo per le visite del Reliquiario delle Lacrime di Maria in altre Comunità Parrocchiali. Tutte le cappelle sono arricchite da artistiche grandi icone in mosaico dedicate alla Sacra Famiglia, a S. Lucia, a S. Agata, a S. Corrado, a S. Francesco (‘Istituto Artistico Mellini’ di Firenze); al Crocifisso (‘Arte Musiva’ di Milano); ai SS. Pietro e Paolo e al Sacro Cuore di Gesù (‘Scuola del Beato Angelico’ di Milano).

Nella Cripta è anche conservato il crocifisso posto all’ingresso principale, dipinto su legno di faggio opera dell’artista Francesco Scialfa, che lo ha intitolato il “Cristo della Luce”: dalle mani, dai piedi, dal capo, si sprigionano dei fasci di luce, una luce che richiama l’evento della risurrezione.

Il Reliquiario

Il Reliquiario esposto in una teca posta sull’Altare maggiore della Cripta è il cuore del Santuario, perchè contiene le Lacrime di Maria.

L’Ipogeo Bizantino

Guardando l’altare maggiore, sul lato sinistro si trova un reperto archeologico, un ipogeo bizantino-tardo antico ovvero una camera sepolcrale, sotto il quale vi sono due ambienti greco-romani (non accessibili) vicino ai quali scorre un piccolo corso d’acqua.

Il Museo della Lacrimazione

Nel Museo della Lacrimazione sono raccolti pezzi unici, collegati all’evento della Lacrimazione. La pipetta ed il vetrino utilizzati in laboratorio dalla commissione medica per effettuare le analisi chimiche. La croce di legno che guidò il primo pellegrinaggio della storia ai piedi della Madonna delle Lacrime. La scrivania sulla quale furono firmati gli atti ufficiali che attestano il prodigio della Lacrimazione. Inoltre sono esposti alcuni tra i doni più preziosi ed artistici fatti alla Madonnina. Uno spazio invece, è dedicato al memoriale di San Giovanni Paolo II che visitò la Basilica della Madonna delle Lacrime in occasione della dedicazione del Santuario il 6 novembre 1994.